6.25한국전쟁의 비극이 끝나가던 1952년. 만월스님이 현재 위치인 서울 도봉구 도봉산길 88길에 녹야선원을 창건했다. 창건 당시 이름은 녹야원(鹿野苑)이었다. 부처님이 다섯비구를 상대로 첫 법문을 하신 인도 바라나시 녹야원을 떠올린 것이다.

이를 현 분원장인 혜안스님이 사찰 분위기를 내야겠다는 판단으로 녹야선원으로 이름을 바꿨다. 당시 만월스님은 도봉산에 위치한 망월사의 주지 소임을 보고 있었다. 만월스님은 무학대사의 비결론을 접하고 ‘도봉산 만장봉 밑으로 십 리쯤 되는 곳에 참으로 묘한 훌륭한 절터가 있다’는 대목을 본 후 비결론에 나온 절터를 찾아 도봉산 이곳저곳을 찾아다녔다. 만월스님이 현재 녹야선원(녹야원)의 절터를 보고 ‘이곳이 무학대사께서 말씀하신 곳이구나’ 직감하곤 법당부터 짓기 시작한 것이 녹야선원의 출발이다.

녹야선원을 짓기 시작한 당시 우리나라는 전쟁의 후유증으로 말이 아닌 상황이었다. 그 어려운 시기 만월스님은 법당, 요사채, 남별당을 한 채씩 한 채씩 완성했다. 

현재 녹야원은 혜안 큰 스님께서 주석하고 계신다.